Começado a construir a 17 de agosto de 1490, por iniciativa de Justa Rodrigues Pereira, ama de D. Manuel I, e concluído por volta de 1500. Símbolo do Manuelino, constitui o primeiro ensaio de “igreja-salão”.

Destaque para o portal, em brecha da Arrábida, e para a Capela-Mor.

O primeiro apresenta-se repleto de elementos de forte significação litúrgica e de outros representando atributos do franciscanismo. A capela está revestida de azulejos de caixilho, tendo acolhido, em 1520/30, um retábulo de pintura, constituído por catorze painéis, conhecidos pela denominação de “Primitivos de Setúbal”, um dos mais notáveis conjuntos de Arte do Renascimento em Portugal.

Atribui-se a Mestre Boitaca – também arquiteto do Mosteiro de Santa Maria de Belém (Jerónimos, Lisboa) – o Cruzeiro, erguido no lado fronteiro à Igreja de Jesus, mandado construir por D. Jorge de Lencastre, Duque de Aveiro e de Coimbra e Mestre da Ordem de Santiago.