Os trabalhos de peritagem, executados por uma equipa da Universidade de Coimbra, destinaram-se a avaliar a estabilidade da cobertura da igreja, incluindo a zona do Coro Alto, espaços que não foram abrangidos pela recente requalificação do Convento de Jesus impulsionada pela Câmara Municipal de Setúbal.

A informação recolhida através destas ações de peritagem é englobada em projetos de especialidade no âmbito de uma nova fase de obras da responsabilidade da Autarquia no monumento nacional, que inclui a estabilização da cobertura e a impermeabilização da totalidade do edifício.

O Convento de Jesus, situado no interstício das muralhas quatrocentistas e seiscentistas, é a principal referência patrimonial de Setúbal, beneficia de classificação como Monumento Nacional desde 1910. Fundado em 1490, acolhe, desde o início da década de 60 do século XX, as instalações do Museu de Setúbal.